En 2014, Javier Aguirre firmó por cuatro años con la selección de Japón , pero una cláusula de "buena conducta fuera de la cancha" en su contrato le apartó de los “samurái azules” para pelear por un boleto rumbo a la Copa del Mundo Rusia 2018 , luego de que fue relacionado con amaño de partidos en el fútbol de España.
"Lo primero que me gustaría expresar al técnico Javier Aguirre es que la razón de la rescisión es evitar cualquier influencia en la selección nacional durante su preparación para la Copa del Mundo . Hay posibilidad de que sea acusado (por amaño de partidos) y se inicie un proceso en el tribunal", informó el 3 de febrero de 2015, el entonces presidente de la Asociación Japonesa de Japón, Kuniya Daini
Javier Aguirre se reencuentra con la selección de Japón una