En su golpe de timón más trascendente en las últimas décadas, el PAN decidió abrir candidaturas a la ciudadanía y rechazar las alianzas con otros partidos, las cuales inició hace 26 años y le sirvieron para llegar a la Presidencia y ganar 23 gubernaturas, al menos.
Su primer pacto electoral, concretado en 1999 con el PRD y el PT, le dio la gubernatura de Nayarit, que repitió en 2017.
Luego vino la histórica primera alternancia en la Presidencia, que logró con el Verde en el año 2000, y a partir de la cual unió fuerzas con prácticamente todos los partidos de izquierda para ganar Chiapas y Tlaxcala; Baja California y Puebla dos veces y Guanajuato, tres, así como Sinaloa, Oaxaca, Baja California Sur, Durango, Yucatán, Quintana Roo y Veracruz.
Luego, a partir de 2021, junto con un disminuid