En lo que a la imparcialidad en el ejercicio de la función jurisdiccional se refiere, el presidente de la Sala del Tribunal Supremo (TS) que ha condenado al FGE no puede desconocer la sentencia del Tribunal Europeo de Derechos Humanos (TEDH) en el caso Bateragune. Esta anuló la sentencia dictada por la Audiencia Nacional (AN), confirmada por el TS por tres votos contra dos y por el Tribunal Constitucional (TC) por siete votos contra cinco, que no otorgó el amparo solicitado por los condenados, entre los que se encontraba Arnaldo Otegui.

El TEDH decidió el 6 de noviembre de 2018 que el juicio realizado en España no había sido justo por falta de imparcialidad de la magistrada Ángela Murillo, que presidió el tribunal de la AN. Dicha falta de imparcialidad en el juicio inicial fue alegada por la defensa de los acusados ante el TS y el TC. Ambos tribunales, en decisiones muy divididas como se indicó antes, rechazaron la alegación y confirmaron la sentencia de la AN.